一、设立目的不同
滞纳金是纳税人未按照法律、行政法规规定的期限或者未按照税务机关依照法律、行政法规规定的期限缴纳税款，国家税款所产生的滞纳损失，其本质上是资金占用损失，类似于银行利息。
税务机关加处罚款，是以行为人存在主观过错为前提，通过罚款的形式对其违法行为进行惩戒，其立法目的有具有督促和惩戒的双重作用。
二、适用文书不同
税务机关针对纳税人同一违法行为，一般先做出《税务处理决定书》确认违法事实及需要补缴的税款，再做出《税务行政处罚决定书》对违法行为进行处罚。
滞纳金是由《税务处理决定书》做出补税处理时一同做出。
罚款是由《税务行政处罚决定书》根据确定的违法事实做出。
三、计算方式不同
滞纳金，以所欠税款为基数，按日万分之五自纳税期限届满的次日起一直计算至实际缴纳之日止。税务机关一般认为，加处滞纳金的法律依据来自于特别法《税收征管法》，只要欠税行为存在，滞纳金就不停止计算，不仅可以超过税款本金，甚至可以上不封顶，但法院一般认为加处滞纳金属于行政处罚的一种，依据《行政处罚法》的相关规定，其不能超过补缴税款。
罚款，由税务机关依据《税收征管法》确定，如行为人未在《税务行政处罚决定书》规定的期限内全额交纳，自期限届满的次日起按日万分之三加处罚款，加处的罚款不能超过原罚款。
